Man mano che la pericolosa alleanza di Quan Chi e Shang Tsung emerge vittoriosa contro i guerrieri di Raiden, un nuovo male, il Dragon King e l'ex imperatore di Outworld Onaga, appare per cercare i sei artefatti (i Kamidogu) che gli conferiscono il potere supremo su tutti i regni. Il protagonista principale è Shujinko, un guerriero in grado di copiare le abilità degli altri combattenti, che fu ingannato nel risuscitare Onaga prima della storia principale. Per compiere questo compito, Shujinko attraversa tutti i regni, dall'Earth Realm al Netherealm infernale, mentre è istruito dai grandi maestri di Mortal Kombat. Tuttavia, una volta che Shujinko porta a termine il suo compito, scopre di essere stato una pedina in un complotto per riportare in vita il malvagio Dragon King, Onaga, dal regno dei morti. Con Onaga riportato al pieno potere, i campioni di Mortal Kombat devono impedirgli di alterare il tessuto stesso dell'esistenza.