NCAA Football 2003, rilasciato per PlayStation 2, Nintendo GameCube e Xbox, presentava il quarterback dell'Università dell'Oregon, Joey Harrington, sulla copertina. Nuove caratteristiche di questa versione includevano oltre 200 canzoni ufficiali di battaglia, cheerleader in 3D e 144 diverse scuole. La modalità Dynasty è stata migliorata con la possibilità di redshirtare un giocatore e di programmare partite non-conferenza prima di ogni stagione. I trofei e i premi, modellati sui premi reali del football universitario, erano un'altra caratteristica nuova di questa versione. I giocatori potevano vincere trofei giocando partite e potevano aggiungerli a una collezione personale che è esposta in una sala trofei. Questi premi includono lo Heisman, l'Allenatore dell'Anno e trofei specifici per Bowl. Il gioco presentava 23 trofei di rivalità diversi creati per rappresentare i loro corrispettivi reali. La modalità Create-A-School è tornata in questa edizione del gioco dopo l'assenza dall'anno precedente. Il gioco presentava anche un'interfaccia personalizzabile per la prima volta. Un giocatore poteva scegliere la propria squadra preferita e l'interfaccia del gioco sarebbe stata basata sulla canzone di battaglia di quella squadra, sulla mascotte, sui loghi e sui colori della scuola.