In Phantasy Star Online Episodi I e II, la navicella Pioneer 2 arriva sul pianeta disabitato Ragol nel tentativo di colonizzarlo in risposta al fallimento dell'ecosistema del pianeta madre Coral. Nell'Episodio III, Pioneer 2 rimane in orbita sopra Ragol, ma non ha ancora iniziato la colonizzazione. Il dissidio interno al governo di Pioneer 2, che da allora ha ottenuto l'indipendenza da Coral, insieme allo sfruttamento delle risorse del pianeta ostacolano la colonizzazione. Il governo di Pioneer 2 spera inoltre di sfruttare "il germe", una sostanza misteriosa scoperta sul pianeta, che usano per alimentare la recentemente sviluppata "tecnologia C.A.R.D.", che viene usata per conservare oggetti come armi sotto forma di carte e consentire loro di essere usate in modo molto più efficiente.[1] C.A.R.D. è un acronimo di "dati di realtà alternativa compressi". Il gioco può essere giocato sia come "Heroside" sia come "Darkside". Gli "Heroside" sono funzionari nominati dal governo, che ricevono ordini dal governo per esplorare, ricercare e catturare gli Arkz, una fazione anti-governativa. I "Darkside" sono gli Arkz, fondati da un uomo noto solo come Red. Gli Arkz cercano di intercettare e distruggere i piani del governo per lo sfruttamento del pianeta. Si oppongono anche all'uso della tecnologia C.A.R.D. a causa della sua imprevedibilità e della mancanza di una piena comprensione del germe. Tuttavia, utilizzano comunque una versione rubata della tecnologia per poter competere con gli Heroside. Entrambe le fazioni cercano anche la posizione della "Great Shadow", che si crede sia la fonte del germe. All'interno delle due fazioni, ogni personaggio ha i propri obiettivi e aspirazioni, e giocare come determinati personaggi in battaglia rivelerà diversi aspetti della storia. Quando entrambe le trame della storia sono completate, una dopo l'altra, si scopre che il governo, mentre sperimenta con il germe per la tecnologia di clonazione, sta tentando di creare bio-soldati utilizzando il materiale genetico delle gemelle decedute di Red. Il boss finale per Heroside è un clone mutato respinto di Pollux. Il boss finale per Darkside è un clone mutato respinto dell'altro gemello, Castor. Dopo aver completato le trame e le loro battaglie boss, c'è una battaglia finale contro la fonte del germe, Amplam Umbra. Una volta distrutta la fonte, Pioneer 2 atterra finalmente su Ragol e inizia la colonizzazione del pianeta.