In Pikmin 2, il Capitano Olimar torna sul pianeta su cui era originariamente rimasto bloccato, per raccogliere cianfrusaglie da rivendere al suo ritorno a casa e salvare la sua azienda in crisi. Il gioco presenta una meccanica a due personaggi, che permette ai giocatori di alternare tra due astronauti durante la raccolta degli oggetti. Sono disponibili anche missioni di sfida in cooperativa per due giocatori e una modalità competitiva.