Pokémon XD è un seguito del videogioco di ruolo Pokémon Colosseum. Giocherai nei panni di Michael, un allenatore Pokémon, che cerca di fermare il malvagio Cipher. Cipher pianifica di controllare il mondo utilizzando i potenti, ma imprevedibili, Pokémon Ombra. Ora devi reagire raccogliendo i tuoi Pokémon Ombra e sconfiggendo i tirapiedi di Cipher in battaglia. Pokémon XD ti permette anche di importare Pokémon dai giochi Pokémon per Game Boy Advance e di partecipare a battaglie uno contro uno con altri giocatori.