Su Marte nell'anno 2080, cinque anni dopo gli eventi di Red Faction, la nanotecnologia sviluppata da Axel Capek, capo scienziato della Ultor Corporation prima della sua caduta, è stata reclamata dalla Earth Defense Force (EDF). Con questa tecnologia, l'EDF avvia una riorganizzazione della Ultor Corporation con particolare attenzione ai supersoldati potenziati e a un armamento adeguato. Tuttavia la ricerca condotta da Capek nei suoi laboratori è stata di conseguenza rubata da altri gruppi militanti e organizzazioni terroristiche assortite. Questo è andato avanti per anni; la ricerca è passata di mano nel sottobosco criminale molte volte. Il giocatore viene introdotto al proprio ruolo di esperto di esplosivi (in codice "Alias") mentre intraprende una missione di operazioni speciali per rivendicare i dati di ricerca per la Republic of the Commonwealth. Alla fine, la ricerca è rivendicata con successo dalle forze d'elite di Victor Sopot, Cancelliere dello stato militare distopico noto come The Commonwealth. Sopot usa la nanotecnologia per potenziare le sue già formidabili forze militari e crea con successo i primi supersoldati utilizzando i dati di ricerca. Tuttavia, temendo il potenziale dei suoi nuovi supersoldati, ordina che vengano tutti braccati, giustiziati e sostituiti con orrori mutati molto meno intelligenti noti come "The Processed". Tradito collettivamente dal loro leader, la squadra del giocatore fugge all'interno e si allea con la Red Faction come mercenari. La Red Faction a questo punto della storia è un movimento di resistenza organizzato fortemente contrario al dominio di Sopot e ai principi politici distorti di The Commonwealth. La squadra alla fine insegue Sopot e neutralizza tutte le opposizioni sul loro cammino mentre la Red Faction porta il conflitto nelle strade in una rivolta congiunta contro il dominio di The Commonwealth. Durante le fasi iniziali del gioco, la Red Faction e la squadra si sostengono a vicenda mentre superano obiettivi comuni come sabotare installazioni propagandistiche. L'insurrezione culmina nel catturare con successo Sopot nel suo silo missilistico ed eseguirlo. Alias ritorna alla base improvvisata delle operazioni solo per scoprire che tutti i membri della resistenza Red Faction presenti sono stati brutalmente sterminati. Il leader della squadra, Molov, osserva che con Sopot morto e con la ricerca di nanotecnologia in suo possesso, le forze armate del Commonwealth gli hanno prestato fedeltà volontariamente. Dichiara Alias e Tangier, un altro membro della squadra, nemici dello Stato per aver sostenuto la Red Faction. Tangier aiuta Alias a fuggire, e poco dopo, in salvo, Alias presta aiuto ai superstiti della Red Faction che si stanno difendendo dall'avversario. Alias ed Echo, un altro membro della squadra, si incontrano in una location segreta per discutere una strategia alternativa per fermare Molov, e Echo muore in azione durante un conflitto a fuoco con Quill, un ex membro della squadra. Tangier richiama Alias poco dopo, e i due concordano di spegnere il laboratorio di nanotecnologia sequestrato da Molov, situato all'interno della statua colossale di Sopot. All'interno del laboratorio, Alias ha la meglio su Repta, un ex membro della squadra, e distrugge i generatori di alimentazione del laboratorio di nanotecnologia. Gli esplosivi di Alias indeboliscono la base della statua e la rendono instabile. Alias incontra nuovamente Repta e, ancora una volta, ha la meglio su di lui, facendo sì che il campo energetico all'interno di Repta raggiunga una massa critica. Alias e Tangier si incontrano e inseguono Molov, che sta scalando la statua di Sopot con la cella di nanotecnologia – la culminazione della ricerca di Capek – in attesa di un'estrazione da Shrike, subordinato di Molov. Shrike tradisce il suo ufficiale comandante, e Tangier riesce a riconquistare la cellula di nanotecnologia in possesso di Molov. Molov, disperato nell'eliminare i suoi nemici, sale a bordo di una vicina armatura da battaglia e lancia un assalto frenetico contro Alias. Usando l'ambiente distruttibile a suo vantaggio, Alias riesce a eludere il fuoco di Molov e lancia una controffensiva che non solo uccide Molov, ma distrugge anche la statua. Mentre la statua crolla, Shrike interviene con il suo velivolo di supporto aereo ravvicinato per estrarre Alias. Da questo punto, la storia termina in una delle quattro possibili finali, a seconda del punteggio di Heroics del giocatore.