Il gioco è ambientato nei cieli fittizi chiamati Arcadia, dove sei civiltà coesistono su continenti galleggianti orbitati da sei lune di colori differenti. Migliaia di anni prima dell'epoca attuale del gioco, le civiltà, una per ogni luna, si erano sviluppate tecnologicamente al punto da creare ciascuna un Gigas, un'arma vivente colossale di distruzione di massa, controllata da un Moon Crystal. Usando i Gigas, le civiltà si fronteggiarono tra loro, minacciando l'estinzione dell'umanità. La civiltà Silver, la più avanzata, usò i propri Gigas per evocare i Rains of Destruction, che attiravano meteoriti dalle lune orbitanti e li precipitavano sulla superficie del pianeta. La distruzione catastrofica fermò la furia dei Gigas e quasi annientò anche le altre cinque civiltà, ponendo così fine alla guerra. Un sigillo fu posto sul Silver Gigas per impedirne l'uso futuro, e i Moon Crystals furono nascosti, mentre ogni civiltà lavorava per ricostruirsi. Vyse e Aika sono membri dei Blue Rogues, una fazione di pirati aerei dallo spirito di Robin Hood, riuniti per resistere all'Impero Valuan, militante e tirannico. Guidata dall'Imperatrice Teodora, l'impero cerca i Moon Crystals per riattivare il Gigas e conquistare il mondo. Teodara dirige la Valuan Armada, una flotta di navi da guerra guidata dagli ammiragli Galcian e Ramirez, per trovarli. All'apprendere di questo piano, la Silver Civilization invia Fina per trovare prima i Moon Crystals. Lei viene catturata dall'Armada, ma salvata da Vyse e Aika, che, avendo nemici comuni, accettano di aiutarla nella missione.