Il Dottor Eggman è tornato a sfidare Sonic e la sua banda per sconfiggere il suo nuovo piano. Sonic the Hedgehog, Miles "Tails" Prower e Knuckles the Echidna accettano volentieri e partono all'attacco per affrontare il piano più recente del dottore. Nel frattempo, Rouge the Bat si lancia su una delle vecchie fortezze di Eggman e scopre Shadow the Hedgehog incapsulato. Dopo un incontro insolito, Rouge, Shadow e E-123 Omega si uniscono per scoprire cosa sia successo a Shadow e per vendicarsi di Eggman. In un resort, Amy Rose guarda un annuncio che mostra Sonic insieme a Chocola e Froggy, rispettivamente i migliori amici di Cheese e di Big. Dopo aver superato la noia, Amy, Cream the Rabbit e Big the Cat decidono di trovare Sonic e riottenere ciò che vogliono. Altrove, in un edificio fatiscente, la Chaotix Detective Agency riceve un pacco che contiene un walkie-talkie. Allettati da questa proposta, Vector the Crocodile, Espio the Chameleon e Charmy Bee decidono di lavorare per questa misteriosa persona, così possono guadagnare qualche soldo.