Fox Mccloud indaga su un pianeta ai margini del Lylat System chiamato Dinosaur Planet, che sta crollando. Sulla superficie del pianeta, incontra un bastone magico, che diventa la sua unica arma. Impara dalla Regina della EarthWalker Tribe che General Scales ha rubato gli Spellstones dai due Force Point Temples del pianeta. Per impedire che il pianeta si spezzi ulteriormente e riportarlo all'unità originale, Fox deve restituire gli Spellstones ai templi, con l'aiuto del figlio della Regina, il Principe Tricky. Man mano che Fox recupera gli Spellstones, scopre di dover recuperare anche i Krazoa Spirits per riparare il pianeta e salvare la vita di un altro.