Chiudi gli occhi e immagina… un sole rasserenante, accompagnato dal suono delle onde che si infrangono dolcemente sulla riva. Là in alto, i gabbiani tracciano cerchi pigri in un cielo limpido e azzurro. Questa è Isle Delfino. Lontano dal frastuono del Regno dei Funghi, questo resort sull'isola brilla come una gemma nelle acque di un mare del sud. Mario, Peach e un gruppo di Toad sono venuti a Isle Delfino per rilassarsi e distendersi. Almeno, questo è il loro piano…but quando arrivano scoprono che le cose sono andate terribilmente male... Secondo gli abitanti dell'isola, la persona responsabile del caos ha un naso tondo, un baffo spesso e un cappello… Cosa? Ma… sembra proprio Mario!! Gli abitanti dell'isola sostengono che il caos di Mario abbia inquinato l'isola e fatto sparire la loro fonte di energia, le Shine Sprites. Ora il Mario ingiustamente accusato ha promesso di ripulire l'isola, ma... come? Non temere! FLUDD, l'ultima invenzione di Gadd Science, Inc., può aiutare Mario a ripulire l'isola, affrontare i cattivi e offrire un ugello in ogni tipo di situazione appiccicosa. Mario può ripulire l'isola, catturare il cattivo e riabilitare il suo buon nome? È tempo di iniziare un'altra avventura di Mario!