La storia mostra il team di Super Monkey Ball e tutti gli abitanti di Jungle Island che trascorrono felici la loro giornata, quando all'improvviso l'aeromobile di Dr. Bad-Boon sorvola la terra e risucchia tutte le banane. AiAi pretende che gliene restituisca tutte le banane, ma lo farà solo se MeeMee si sposerà con lui. MeeMee si rifiuta, quindi Bad-Boon vola via, e il team di Super Monkey Ball entra in azione. Il primo piano malvagio di Dr. Bad-Boon è far esplodere Jungle Island facendo esplodere un vulcano con una bomba a tempo. La lascia fluttuare al suo interno, e il team la trova. GonGon la colpisce e la sbatte fuori dal vulcano, e la bomba atterra sull'aeromobile di Bad-Boon. Essa affonda nel mare, costringendo Bad-Boon a nuotare via, mentre la squadra lo insegue.