I quattro eroi di Super Monkey Ball - Aiai, Meemee, Baby e Gongon - stavano trascorrendo una giornata tipica, quando videro un velivolo schiantarsi su un'isola vicina. Ben presto scoprirono che i misteriosi Naysayers sono apparsi, diffondendo discordia e infelicità su tutta l'isola. E per di più, il principe e la principessa delle isole vicine sono scomparsi su Jungle Island - se non verranno trovati e riportati, ci sarà sicuramente guai! Riusciranno i nostri eroi a riportare l'ordine su Monearth? Super Monkey Ball Adventure prende la frenesia del rotolarsi delle scimmie dei giochi precedenti e la trasforma in una versione basata sulla trama. Scegliendo una delle quattro scimmie, i giocatori rotolano tra le varie isole di Monearth, parlando con i cittadini e svolgendo i compiti che chiedono (come consegnare panini, trovare un bambino scomparso, salvare fiori rari e molto altro ancora) per rallegrare i cittadini.