Ambientato nel prossimo futuro, Tom Clancy's Ghost Recon 2 mette il giocatore nei panni di un operativo altamente addestrato che lavora come parte dell'infame unità militare delle Forze Speciali statunitensi nota solo come "Ghosts". Il gioco è ambientato in Corea del Nord, dove un malvagio generale devia tutto l'aiuto umanitario per potenziare le sue forze e ottenere maggiore potere politico nel processo, ed è compito degli Ghosts eliminare questa minaccia. C'è una modalità campagna per giocatore singolo, in cui il giocatore, facente parte degli Ghosts, deve affrontare il malvagio generale in 11 missioni diverse e piuttosto lunghe. Ci sono anche modalità multiplayer, sia online che offline. La campagna principale può essere giocata in cooperativa con un amico, oppure si può sfidare altri giocatori in diverse modalità di gioco, che vanno da una semplice modalità deathmatch a modalità di gioco a squadre. Nuovo in questa parte della serie è la possibilità di utilizzare una prospettiva in terza persona, ma è disponibile anche la classica vista in prima persona.