La trama di Yugi coinvolge Yugi, nonché Joey, Tristan Taylor e Téa Gardner, invitati alla fase di test del videogioco in realtà virtuale "Kingdom", creato dall'azienda SIC. Quando entrano nel gioco, ben presto si ritrovano intrappolati al suo interno e devono chiedere l'aiuto dei personaggi e dei mostri del gioco per sconfiggere l'antagonista del gioco, l'Imperatore Heishin, e, in ultima analisi, fermare i piani del designer del gioco, Scott Irvine, di controllare le tre Carte Divinità Egizie. A un certo punto della trama di Yugi, alcuni dei vostri amici vengono indottrinati e dovete combatterli. La trama di Kaiba presenta Seto Kaiba e suo fratello Mokuba Kaiba, che sono anch'essi intrappolati nel gioco. Inizialmente lavorano per l'Imperatore Haysheen (Heishin), ma Kaiba presto si rivolge contro l'Impero. Un punto culminante della trama in entrambe le storie si verifica quando Mokuba viene rapito, e Scott costringe Kaiba a fronteggiare Yugi. Alla fine di entrambe le trame c'è un segmento ambientato in una stanza segreta che conduce dall'ambiente fantasy del gioco alle meccaniche interne del computer che esegue il gioco stesso. Entrambe le squadre devono sconfiggere anche Scott Irvine nonché l'enemico DarkNite, detentore di una delle God Cards (Obelisk the Tormentor nella storia di Yugi, Slifer the Sky Dragon in quella di Kaiba). Dopo aver battuto una storia, l'altra diventa più difficile, con mostri di livello superiore; ciò è probabilmente dovuto alla possibilità di trasferire le statistiche dei mostri da una storia all'altra. In questa modalità più difficile c'è un ulteriore villain, Nitemare, che possiede la God Card al livello 99. La trama di Joey è un prequel a quella di Yugi e presenta alcuni personaggi minori provenienti dalle altre trame. Il suo villain principale è Marik Ishtar, che usa The Winged Dragon of Ra.