Durante una giornata luminosa e limpida, Mario cammina lungo un sentiero davanti al Peach's Castle, vicino allo stesso luogo dove trovò il Clear Pipe rotto all'inizio della campagna principale. Nota piccole pozzanghere di melma nera sul sentiero e le segue, fermandosi infine davanti a una massa di graffiti neri a forma del logo di Shadow Mario tratto da Super Mario Sunshine. I graffiti si espandono per creare un portale attraverso cui Mario cade, trascinandolo al Lake Lapcat, dove si sta verificando una tempesta. Poco dopo l'atterraggio, Mario incontra Bowser, che è diventato una forma più grande e potente nota come Fury Bowser. Mario trova una Cat Shine nelle immediate vicinanze, che rimuove la melma da un faro nelle vicinanze. Fury Bowser è accecato dal raggio di luce che proviene dal faro e si ritira nel Fury Sun al centro di Lake Lapcat. Subito dopo, diverse isole emergono dall'acqua. Dopo che Fury Bowser si ritira, la tempesta si placa e Mario trova Bowser Jr., in preda al panico, che spiega perché Bowser si è trasformato. Gli mostra un ritratto che ha dipinto di suo padre e lo dipinge di nero con il suo Magic Paintbrush, dimostrando che Bowser Jr. è stato colui che ha corrotto Bowser. Si rende conto che sia lui che suo padre sono nei guai, chiedendo a Mario, riluttante, di aiutarlo, ma chiarendo che ciò non accadrebbe in circostanze normali. Mario acconsente a farlo, con Bowser Jr. che lo accompagnerà per il resto dell'avventura.