Poco dopo il bombardamento del Reattore Mako 5, Yuffie Kisaragi, una ninja al servizio di Wutai, arriva a Midgar e si riunisce al suo partner Sonon Kusakabe (Aleks Le/Yoshimasa Hosoya) per rubare la «Materia Ultima» di Shinra. Con l'aiuto di una cellula Avalanche locale, Yuffie e Sonon si infilano nel laboratorio sotto la sede Shinra e combattono contro le forze di Shinra prima di scoprire che la Materia Ultima non è ancora completa. Mentre cercano di fuggire, vengono affrontati da un supersoldato di Shinra di nome Nero (Sean Chiplock/Ryōtarō Okiayu). In svantaggio, Sonon si sacrifica per assicurare che Yuffie possa fuggire. Lascia la sede Shinra proprio in tempo per vedere crollare la lastra del Settore 7. Qualche tempo dopo, Yuffie ha lasciato Midgar e riflette che, per realizzare il suo desiderio di vedere la caduta di Shinra, avrà bisogno di una squadra per aiutarla.