Dopo gli eventi di A Link to the Past, l'eroe Link viaggia in nave verso altri paesi per allenarsi ad affrontare ulteriori minacce. Dopo essere stato attaccato in mare, la nave di Link affonda e lui si ritrova naufrago sull'isola di Koholint. Si risveglia vedendo una donna bellissima che lo guarda dall'alto e presto scopre che sull'isola c'è un gigantesco uovo in cima a una montagna che il Wind Fish abita nel profondo. A Link viene detto di risvegliare il Wind Fish e tutto avrà una risposta, così parte per un'altra missione.