Cinquecento anni fa, adirato dai peccati e dall'arroganza dell'umanità, Dio richiamò i suoi angeli dalla Terra e la superficie fu consumata dal Chaos. L'ultima persona che ancora pregava Dio, la prima Saint Irene, chiese perdono. Dio ascoltò le sue preghiere e sollevò la città e la terra intorno a lei per salvare l'umanità dall'estinzione. In quanto ultimo baluardo dell'umanità, la città di Novus Aether galleggia nel cielo al di sopra della superficie inospitale, alimentata dalle preghiere quotidiane del Saint Irene. Più di un decennio fa, a causa dell'interruzione della preghiera, si verificò la 'Gran Forte', causando la caduta di una parte della città in superficie e dividendo la città inferiore in due. Con il tempo, lo strato più basso divenne la dimora di ogni genere di loschi individui, persone che avevano perso gran parte delle loro vite durante la 'Gran Forte', diventando noti come la 'Prison'. Tuttavia, una malattia contagiosa che fa crescere ali si è diffusa in tutta la città. È stata formata un'unità speciale per affrontare rapidamente queste persone. In questa 'Prison' risiede Caim Astraea, un ex-assassino freelance che svolge piccoli lavori per i suoi amici in cambio di denaro, rifiutando lavori che richiedono di uccidere le persone. Durante una richiesta, Caim incontra una ragazza che contrae la malattia delle ali, avvolta in una luce che ricorda a Caim la 'Gran Forte' di quegli anni...