Il gioco è ambientato nel 2037. La storia inizia il 6 febbraio 2036, quando un incidente in cui i computer impazziscono distrugge molte grandi città in tutto il mondo. Il disastro massiccio è chiamato il "Problema 2036", ma c'è una previsione che ci sarà un incidente simile nel 2038. Così un gruppo di scienziati usa Gaia Supercomputer per creare un "Earth Simulator" per impedire che ciò accada, ma fallisce perché il potenziale di nascita umano è diminuito drasticamente. Gli scienziati poi introducono la formula del "Arecibo Message" nell'Earth Simulator, portando con successo l'umanità in un altro mondo. All'inizio sono entusiasti, finché non si rendono conto che gli esseri umani nell'Earth Simulator hanno di fatto creato un altro Earth Simulator. Gli scienziati iniziano a sospettare che siano in realtà solo il prodotto di un Earth Simulator creato da creature la cui posizione è al di sopra di loro. La storia ruota intorno a Takaoka Pollon, un hacker che ha la capacità di "Salva e Carica" come in un videogioco. Usando il suo Hacking Trigger System, può intervenire sulla linea temporale intorno a lui.