Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream continua la storia delle tante avventure di Sophie e Plachta. Dopo aver lasciato la città natale di Sophie, Kirchen Bell, i due scoprono un gigantesco albero identico a quello che Plachta aveva visto in un sogno, e man mano che si avvicinano, un vortice misterioso li trascina all'interno. Sophie si risveglia da sola in un curioso nuovo mondo chiamato Erde Wiege, e non passa molto tempo prima che venga a conoscenza di un alchimista di nome Plachta che vive ai margini della città. Con stupore, quando Sophie arriva all'atelier, incontra una giovane appassionata di alchimia di nome Plachta, e anche se l'alchimista condivide lo stesso nome della sua amica, non riconosce Sophie. Che altre sorprese attendono Sophie in questo viaggio? Mentre l'avventura continua, Sophie incontra un'aspirante alchimista, Ramizel Erlenmeyer, che accetta volentieri di aiutarla nel suo momento del bisogno. La narrazione si sviluppa con eleganza in uno stile visivo affascinante che combina l'arte della sottoserie Misteriosa con la grafica e le animazioni di alta qualità presenti in Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy del 2021.