Kris e la loro compagna di classe Susie cadono in un luogo sconosciuto chiamato 'Dark World' dove incontrano Ralsei, che li informa che sono profetizzati, nella leggenda di Delta Rune, come eroi che salveranno il mondo. Il gioco completo di Deltarune sarà composto da sette capitoli, ognuno dei quali vede Kris, Susie e Ralsei o combattere o cavarsela attraverso Dark Worlds. Kris, essendo l'unico in grado di sigillare il 'Dark Fountain', è il leader del gruppo. Possono comandare gli altri membri del gruppo durante le battaglie, anche se alcuni comandi potrebbero sembrare forzati agli occhi degli altri. La SOUL, un oggetto a forma di cuore, è controllata dal giocatore ed è nel corpo di Kris, lasciando le azioni di Kris in gran parte al giocatore.