I giocatori assumono il ruolo di Takumi Aiba o di Ami Aiba, due hacker amatoriali giapponesi, uno di sesso maschile e l'altro di sesso femminile. Ricevono un dispositivo chiamato Digimon Capture da un misterioso estraneo in una chat room, che permette loro di catturare e fare amicizia con i Digimon, creature che abitano in una versione di Internet di prossima generazione chiamata Cyberspace Eden, in cui gli utenti possono entrare fisicamente. Dopo aver viaggiato nei livelli più bassi di Eden, vengono attaccati da un'entità basata sui dati chiamata «Eater» che lascia i loro corpi a metà digitalizzati, e scoprono di poter ora viaggiare liberamente tra il mondo reale e quello virtuale tramite terminali. Sono avvicinati da una donna di nome Kyoko Kuremi, a capo della Kuremi Detective Agency, che li recluta come parte della loro divisione cyber.