I giocatori assumono i panni di Takumi Aiba o Ami Aiba, hacker giapponesi amatoriali, rispettivamente maschio e femmina. Ricevono un dispositivo chiamato Digimon Capture da un misterioso sconosciuto in una chat room, che permette loro di catturare e fare amicizia con i Digimon, creature che abitano una versione di Internet di nuova generazione chiamata Cyberspace Eden, in cui gli utenti possono entrare fisicamente. Dopo essersi recati nei livelli più bassi di Eden, vengono attaccati da un'entità basata sui dati chiamata "Eater" che lascia i loro corpi a metà digitalizzati, e scoprono di poter ora viaggiare liberamente tra il mondo reale e quello virtuale tramite terminali. Vengono avvicinati da una donna di nome Kyoko Kuremi, capo dell'Agenzia Investigativa Kuremi, che li recluta come parte della loro divisione cibernetica.