Dopo gli eventi di Dodonpachi, in cui il pilota ferma il piano del Colonnello Schwarlitz Longhener per annientare l'umanità, i resti del Donpachi Corps sono sigillati sulla luna, per non essere mai più ritrovati. Mille anni dopo, l'esercito robotico, guidato da Hibachi, si è riacceso e sta lentamente ricostruendosi per cancellare di nuovo l'umanità, prendendo la colonia lunare indifesa di Lunapolis. Il mondo richiama rapidamente in vita il Donpachi Corps, e, assistiti dalle Element Dolls, androidi senzienti destinati ad aumentare la potenza di una nave, vengono dispiegati sulla luna per distruggere l'esercito di Hibachi. A seconda delle Element Dolls che il giocatore ha scelto all'inizio del gioco, l'epilogo differirà al momento di sconfiggere Hibachi.