La scena del prologo ritrae una notte d'autunno mentre un ragazzo di quindici anni (il protagonista del gioco) è in fuga da due poliziotti. Un uomo, rispettato dalla polizia, decide di occuparsi della situazione da solo. L'uomo accompagna il ragazzo in una caffetteria, dove il ragazzo spiega di essere fuggito dal suo orfanotrofio per scoprire dove si trovano i suoi genitori. L'uomo si presenta come un detective privato di nome Shunsuke Utsugi e convince il ragazzo a diventare il suo assistente. Qualche mese dopo, Utsugi e il protagonista ricevono una telefonata per esaminare una scena del crimine. La vittima è una studentessa al primo anno delle superiori di nome Yoko Kojima. Il protagonista inizia a raccogliere informazioni dall'Ushimitsu High School per risolvere il caso di Yoko e collegarlo al caso Genjiro Kaneda, insieme all'aiuto delle due compagne di Yoko che frequentano il liceo: una ragazza di nome Ayumi Tachibana e un ragazzo di nome Hitomi Kawaii. Ben presto emerge che Yoko era profondamente coinvolta in un'indagine su "The Tale of the Girl Who Stands Behind", una voce su un fantasma di una ragazza insanguinata che sta dietro a uno studente, e il trio si mette in viaggio per scoprire la verità dietro questa voce.