È passato mezzo anno da quando Shirou Emiya ha vinto la Quinta Guerra del Santo Graal. A seguito del conflitto, Shirou e i suoi amici si stanno riadattando a una vita pacifica di tutti i giorni. Nel frattempo, in una villa desolata ai margini di Fuyuki, un mago si risveglia: Bazett Fraga McRemitz, Incaricata della Designazione del Sigillo dall'Associazione dei Maghi... e ex Maestro della Guerra del Santo Graal. "Dai, continuiamo la Guerra del Santo Graal, Bazett Fraga McRemitz. Così possiamo trovare il tuo desiderio questa volta," un'ombra le sghigna contro. Il suo nome è Avenger, servo dell'ottava classe che non è mai esistito nella Quinta Guerra del Santo Graal. Il loro improbabile incontro segnala che la battaglia è tutt'altro che finita. Shirou Emiya, aspirante campione della giustizia, torna sulla scena della Guerra del Santo Graal. Che destino lo attende oltre questi quattro giorni di destino?