Il gioco è ambientato a Hyrule, al di fuori della linea temporale ufficiale di Zelda. Tanto tempo fa, Ganondorf fu sconfitto e la sua anima si frammentò in quattro frammenti. Tre di essi furono sigillati in momenti differenti nel tempo, mentre Master Sword intrappolò il quarto. Ganondorf trama la sua resurrezione tramite Cia, una strega che protegge l'equilibrio della Triforce. Cia diventa affascinata dallo spirito dell'eroe della leggenda, e i suoi sentimenti romantici per l'eroe forniscono a Ganondorf l'opportunità di purgarla della sua luce interiore. Di conseguenza, Cia viene consumata dai suoi desideri, aprendo il Gate of Souls, un portale verso diverse realtà spazio-temporali di Hyrule, per radunare un esercito di mostri. Desiderando unire la Triforce e conquistare Hyrule, usa i suoi subordinati Wizzro e Volga per scatenare una guerra contro la Principessa Zelda e l'esercito Hyliano.