Yuichi Aizawa è uno studente del secondo anno di liceo che visitò la città in cui si svolge la storia sette anni prima dell'inizio di Kanon. La storia si apre mercoledì 6 gennaio 1999, quando Yuichi arriva in città ed è molto distaccato da essa e dai suoi abitanti. Prima del suo ritorno, si decide che rimarrà con sua prima cugina Nayuki Minase e sua madre Akiko. Dopo la sua lunga assenza, Yuichi ha dimenticato quasi tutto, tranne alcuni dettagli minori di ciò che è successo sette anni prima, e ha bisogno che gli venga ricordato ciò che ha lasciato alle spalle. Nayuki inizialmente cerca ripetutamente di stimolare la sua memoria, ma senza successo. Durante la storia, man mano che apprende gli aspetti sovrannaturali della città, a Yuichi tornano in mente gli eventi di sette anni prima.