Dopo la distruzione di Ansem e Xemnas per mano di Sora e Riku, Xehanort viene riportato in vita. In risposta, Yen Sid sottopone Sora e Riku a un esame del Marchio della Maestria al fine di diventare Maestri della Keyblade a pieno titolo e contrastare il ritorno imminente del Master Xehanort. Come parte di questa prova, i due vengono separati l'uno dall'altro e inviati in mondi precedentemente distrutti dai Heartless che sono stati poi restaurati, sebbene ora in uno stato di "deep sleep" che li disconnette dagli altri mondi. Questi sette mondi sono afflitti dai Dream Eaters — creature nate dall'oscurità che cercano i Keyholes dei mondi addormentati. Il compito affidato a Sora e Riku è risvegliare i mondi addormentati sbloccando i sette Keyholes che vi trovano e poi tornare nel regno della luce, reclutando Dream Eaters benevoli "Spirit" per guidarli e combattere i Dream Eaters malvagi "Nightmare"; dopodiché saranno dichiarati Maestri della Keyblade.