L'anno è il 200X. Il rapido sviluppo della tecnologia Internet ha dato origine alla Società della Rete. Le persone portano con sé i PET, dispositivi mobili dotati di programmi senzienti chiamati NetNavis, che usano per godere dei molteplici benefici che la rete offre. Ma anche se la rete ha migliorato il loro stile di vita, ha portato con sé nuove vie per la criminalità informatica. Il protagonista, Lan Hikari, e il suo NetNavi, MegaMan.EXE, devono collaborare per risolvere numerosi incidenti.