Il gioco inizia con il protagonista principale, una Mii a scelta del giocatore, che arriva a Greenhorne Town, che viene presto attaccata dall'antagonista principale, il Dark Lord, che possiede la capacità di rubare volti dalle Miis e usarli per controllare creature pacifiche, trasformandole in mostri. Il protagonista sceglie una classe di personaggio, tra Guerriero, Ladro, Chierico, Pop Star, Mago o Cuoco, e viene inviato in un viaggio per fermare il Dark Lord. Lungo il viaggio, il giocatore crea altri compagni, incontra il Grande Saggio e raggiunge il castello di Greenhorne, proseguendo la ricerca dopo che il Dark Lord ruba i volti del Re e della Principessa. Successivamente, la squadra entra nel regno di Neksdor, solo per essere attaccata dal Dark Lord, che ruba i compagni del protagonista e lascia quest'ultimo senza una classe. Dopo che il guardiano fornisce all'eroe nuovi poteri, partono per Neksdor, incontrando tre nuovi compagni e il Genio della Lampada. La squadra continua nel Regno delle Fate, dove il Dark Lord attacca di nuovo, rubando di nuovo i compagni e la loro classe di personaggio, spingendo il guardiano a fornire un nuovo gruppo di classi di personaggio. All'eroe viene affidato il compito di salvare le tre Fab Fairies del Regno, che forniscono al gruppo la via al castello del Dark Lord a Karkaton. All'arrivo, il Dark Lord attacca di nuovo, rubando i nuovi compagni, ma fallendo nel rubare i poteri dell'eroe. All'eroe è affidato il compito di salvare tutti i suoi amici, con l'aiuto del Grande Saggio.