Minecraft Dungeons è ambientato nello stesso mondo fittizio di Minecraft, noto come l'Overworld, costituito da oggetti 3D grezzi — principalmente cubi e fluidi, e comunemente chiamati "blocchi" — che rappresentano vari materiali e abitato sia da mob pacifici sia ostili. A differenza di 'Minecraft', il gioco presenta una campagna lineare guidata dalla storia e sequenze cinematiche. La cutscene di apertura racconta la storia di un illager di nome Archie, che fu scacciato dalla sua gente. Mentre cercava una nuova casa, fu costretto a lasciare ogni villaggio che incontrava a causa dei Villagers che non gli permettevano di vivere con loro. Un giorno, Archie trovò un potente artefatto noto come Orb of Dominance, che gli conferì poteri magici ma lo corromse. Ora noto come l'Arch-Illager, cercò vendetta su tutti quelli che l'avevano offeso e sottomise numerosi villaggi con il suo esercito appena acquisito, composto da creature come golem di redstone e altri Illagers. I giocatori assumono il ruolo di eroi che intraprendono una missione per sconfiggere l'Arch-Illager, liberare villaggi oppressi, combattere mostri e completare varie missioni. In definitiva, i giocatori affrontano l'Arch-Illager nel suo castello e, una volta sconfitto, l'orb prende la sua vera forma come il boss Heart of Ender. Questo è il boss finale del gioco. Dopo aver distrutto Heart of Ender, alias Orb of Dominance, Archie è liberato dalla sua influenza. Invece di punire Archie per le sue azioni, i giocatori gli mostrano gentilezza e perdono, e diventano rapidamente suoi amici. Mentre i giocatori e Archie partono, l'Orb viene mostrato mentre si sta ricostruendo. Poi viene trovato da un Enderman che raccoglie l'Orb e va nell'End. L'ultima scena della cutscene mostra un Endersent che esce dal portale. Nel gioco, dopo aver sconfitto Archie, i giocatori sbloccano nuove difficoltà che rendono il gioco più impegnativo ma offrono premi migliori.