Il gioco inizia con il giocatore che sta minando in una grotta quando viene accolto da tre esseri: Action, Knowledge e Foresight. Questi esseri sono chiamati Hosts, custodi dell'Overworld. Questi tre convincono il giocatore ad aiutarli a salvare il loro mondo, dove è scoppiata una guerra tra il Nether e l'Overworld. Il giocatore viene quindi trasportato in quel mondo. Dopo aver completato un tutorial, il giocatore deve salvare alcuni villaggi dall'invasione di piglins provenienti dal Nether. Poi, il giocatore distrugge tre avamposti Nether che stanno preparando l'invasione dei villaggi. Successivamente, il giocatore distrugge nove portali Nether provenienti da tre diverse aree del mondo. In ciascuna di queste tre aree, il giocatore deve sconfiggere un boss piglin: "the Devourer," "the Beast," e "the Unbreakable". Una volta che il giocatore distrugge tutti i portali e sconfigge tutti i boss, il giocatore affronta il boss finale: "the Great Hog." Proprio nel momento in cui il giocatore sconfigge the Great Hog, quest'ultimo fa un ultimo tentativo di distruggere il Well of Fate. Questo torna contro di lui e il suo esercito viene inghiottito da un portale che li rimanda al Nether. Allora, il Great Hog finalmente muore. Dopo la battaglia, c'è una grande celebrazione nell'Overworld per la vittoria sui piglins. Tuttavia non tutto va bene. I contadini guerrieri, che hanno combattuto al fianco dell'eroe, provano risentimento verso i contadini pacifici che non hanno combattuto, provocando una frattura tra i due gruppi. Inoltre, gli Hosts hanno lasciato il mondo alla responsabilità dell'Eroe e se ne sono andati.