Momodora: Moonlit Farewell racconta la storia della più grande calamità che abbia colpito il villaggio di Koho, cinque anni dopo gli eventi di Momodora III. Una volta che si ode il rintocco di una campana ominosa, il villaggio è presto minacciato da un'invasione di demoni. La matriarca del villaggio invia Momo Reinol, la loro sacerdotessa più capace, per investigare la campana e trovare il campanaro responsabile dell'evocazione dei demoni. La loro speranza è che, trovando il colpevole, possano anche mettere in sicurezza il villaggio e, soprattutto, il sacro Lun Tree, fonte di vita e guarigione per Koho...