Handhelds contro smartphone: la piccola rivoluzione portatile delle sorelline che è iniziata nel corso del tempo… Quel giorno, i quattro CPU partirono in risposta a una richiesta di aiuto proveniente dal PC Continent oltre il mare, mentre Nepgear e gli altri candidati CPU che rimasero indietro visitarono un certo centro di ricerca. Lì, rimasero intrappolati in una capsula e messi in un sonno profondo dalla 'Gray CPU', e risvegliati in Gamindustri due anni dopo. Le persone ora avevano l'ultimo modello di smartphone, chiamato il 'MagiPhone'. È diventato un mondo in cui la quota di mercato era dominata dagli smartphone. A Nepgear viene detto che Planeptune sia caduta nel 'Buzzoer Phenomenon', nel quale si sono presentate orde di mostri, e che sua sorella maggiore Neptune sia scomparsa. Avendo perso sua sorella e una casa da cui tornare, Nepgear cadde nella disperazione. Questa è una storia di distruzione e ricostruzione, dalle CPU, per le CPU, per aprire la strada da un futuro di disperazione a un futuro di speranza.