Un mondo in cui tutti i ninja si riuniscono: Game Ninja World. Un conflitto tra due signori feudali di ogni terra per il controllo del paese, una scintilla tra due potenze principali che guidano due scuole di ninja. La Konpa School è esperta nello stile 'Command Technique', mentre la Hanipa School è esperta nello stile 'Action Technique'. I due schieramenti stavano combattendo quando all'improvviso un esercito di ninja meccanici attaccò utilizzando lo stile 'Shoot Technique'. L'esercito di ninja meccanici ha già invaso un piccolo paese, e il suo capo 'You Geima' ha annunciato al mondo. L'inizio della 'Super NINJA War' che deciderà la scuola più forte del mondo!