La modalità storia si svolge su una mappa del mondo, dove ti muovi da una località all’altra. Esistono molteplici mondi, sebbene i mondi possano far parte di più Capitoli. Il viaggio attraversa Suzuran, la S.S. Tetra, Primp Town, la Zona della Costellazione, l'Orlo di Due Mondi e Grimp. A parte le Missioni principali, c’è una Storia secondaria nella maggior parte dei capitoli che può essere accessibile dopo che tutte le missioni principali del capitolo in questione sono state completate, così come Missioni opzionali che possono essere accessibili quando diventano raggiungibili sulla mappa del mondo.