Alec Mason, un ingegnere minerario, arriva su Marte, nella Regione Tharsis, per riunirsi al fratello Dan e iniziare una nuova vita. Durante il lavoro, Dan testimonia la crudeltà della Earth Defense Force (EDF) nei confronti del popolo marziano e chiede ad Alec di unirsi alla Red Faction, di cui Dan è membro. Poco dopo, Dan viene freddato dal supporto aereo di un team di assalto dell'EDF. Alec viene salvato dai guerriglieri della Red Faction e, a malincuore, diventa un combattente per la libertà del gruppo insieme all'instancabile inventore 'Sam' Samanya, al psicotico e chiacchierone Randy Jenkins e al comandante Hugo Davies (anche se nel gioco è noto come RF commander). Tra il comando di Davies e l'abilità e il coraggio di Alec, l'EDF viene rapidamente cacciata dal settore noto come Parker. La campagna contro l'EDF continua nel settore Dust, e Alec viene infine assegnato a una sorveglianza di routine dei Marauders, una tribù di guerrieri misteriosa e violenta che vive nelle inospitali Badlands, nel tentativo di recuperare armi rubate. Alec li rintraccia in una base Ultor abbandonata che viene rapidamente attaccata dall'EDF. Durante la colluttazione, Alec fugge con un dispositivo chiamato Nano Forge. Questo attira l'attenzione dell'Ammiraglio Kobel, comandante di una potente nave da guerra chiamata Hydra, insieme al Generale Roth, comandante delle forze EDF su Marte, che dichiara Alec Mason fuorilegge. Il Generale Roth dirige la sua attenzione verso Dust e l'EDF risponde ritirandosi dal settore e ordinando alla base di artiglieria nella Free Fire Zone di bombardare Dust all'oblio. Alec è incaricato di salvare i membri della Red Faction e le informazioni sull'EDF dal bombardamento, cosa che riesce a fare. Alec perde temporaneamente fiducia nel movimento, affermando che non importa quanto siano determinati i loro sforzi, l'EDF li bombarderebbe semplicemente fino alla sottomissione. Tuttavia, Sam analizza il Nano Forge e scopre che può creare naniti catastrofici in grado di disintegrare qualsiasi oggetto. Ne costruisce un fucile prototipo e lo affida alle cure di Alec. Dopo aver individuato una serie di punti ciechi nel suo raggio di copertura, parte un attacco riuscito contro una base di artiglieria EDF, permettendo al gruppo di portare la lotta nei territori EDF. La Red Faction si prepara a lanciare una massiccia offensiva coordinata contro l'EDF. Di conseguenza, l'EDF organizza un assalto contro la Red Faction, con la conseguenza dell'interruzione dell'offensiva, l'annientamento del campo dei Badlands e la morte del comandante Davies. Solo Sam, Alec e una manciata di altri combattenti sopravvivono all'assalto. In seguito scoprono che Hydra si sta avvicinando a Marte, con Kobel intenzionato a usare la sua potenza di fuoco per porre fine alla Red Faction e, se necessario, a tutta la vita planetaria. Sam dichiara che hanno bisogno del supporto dei Marauders se la loro campagna deve proseguire. Quando Alec resta dubbioso, lei rivela di essere stata una Marauder. I due si dirigono verso una roccaforte dei Marauders per incontrare il loro sovrano, Vasha, sorella di Sam. Sam richiede l'uso della tecnologia dell'acceleratore di particelle dei Marauders, con piani per combinarla con il Nano Forge, creando un'arma in grado di distruggere la Hydra. Vasha acconsente a lasciare che la Red Faction usi la loro tecnologia in cambio del possesso del Nano Forge una volta terminata la guerra. Dopo aver catturato una stazione di trasmissione e usandola per riorganizzare la Red Faction, Sam e Alec guidano il resto della Red Faction e dei Marauders in un attacco finale al Comando Centrale dell'EDF. I due gruppi convergono su Monte Vogel per assemblare la macchina; tuttavia una sorprendente blitzkrieg dell'EDF guidata dal Generale Roth spazza via i Marauders che custodivano la vetta dell'acceleratore e Vasha insieme a loro. Alec irrompe sulla vetta con un carro armato dotato di pod missilistico modificato, sconfiggendo l'esercito del Generale Roth e uccidendo Roth. Il piano di Sam ha successo e il Nano Forge accelerato riesce a vaporizzare la Hydra. Mentre i sopravvissuti di Marte celebrano, Sam dichiara che la guerra è finita, ma Alec risponde che l'EDF tornerà, dichiarando "Saremo pronti per loro". Alec e Sam si avvicinano alle folle di civili radunate, e Alec alza in alto il suo martello, mostrando il segno della Red Faction e la loro vittoria tanto attesa.