Questo gioco è un seguito di Nekketsu Kōha Kunio-kun Special, del suo prequel Riki Densetsu e di River City: Tokyo Rumble. Gli eventi di River City Super Sports Challenge ~All Stars Special~ si svolgono direttamente dopo questo gioco. Kunio, il capo-delinquente della Nekketsu High School, si distingue nel combattimento di strada e nello sport ed è un'icona per gli studenti. Ha conquistato gloria viaggiando all'estero per vincere competizioni sportive e affrontando la yakuza per salvare i suoi amici. La sua ardente passione per porre rimedio ai torti e il coraggio impavido di lottare fino alla fine lo hanno reso una leggenda vivente... Il famigerato duro dal temperamento sanguigno della Nekketsu High School, Kunio. "What a beautiful night." -> «Che notte meravigliosa.» Kunio sta passeggiando per Yumemicho al buio quando, proprio mentre sbadiglia e pensa di tornare a casa, su una strada del suo territorio viene attaccato da un misterioso duo. A metà della colluttazione, il duo scappa non appena sente le sirene della polizia. Hiroshi e Sugata accorrono per controllare Kunio, che non ha idea di chi fossero gli aggressori. Quello che sapeva era che erano tosti, non era certo di poterne resistere per sempre in un combattimento con loro. Avevano predisposto un'imboscata contro di lui di notte, quando sapevano che sarebbe stato da solo. Ci dev'esserci una ragione dietro a tutto questo. L'intuito di Kunio gli dice che c'è qualcosa di più grande in ballo... Kunio viene a sapere dal giorno successivo da Hiroshi che i suoi aggressori sono due fratelli gemelli che si sono recentemente trasferiti alla Reihou Academy, dove hanno preso il timone della banda nottetempo come i principali delinquenti. Hanno avuto scontri con altre scuole e hanno preso di mira i loro delinquenti di punta, prendendo il controllo delle scuole. Aggiungendo a questa catena di eventi sinistri, sembra che Mami, la fidanzata di Riki, rivale di Kunio della Hanazono High School, sia scomparsa. Kunio decide di iniziare la sua giornata incontrando Riki.