Un mondo in cui tutti i ninja si riuniscono in "Game Ninja World". Un conflitto tra due signori feudali di ciascun territorio per il controllo del paese, una scintilla tra due grandi potenze che guidano due scuole di ninja. La "Konpa School" ha perfezionato lo stile "Command Technique", mentre la "Hanipa School" ha perfezionato lo stile "Action Technique". I due schieramenti stavano combattendo quando improvvisamente un esercito di ninja meccanici attaccò usando lo stile "Shoot Technique". L'esercito di ninja meccanici ha già invaso un piccolo paese, e il suo capo "You Geima" ha annunciato al mondo. All'inizio della "Super NINJA War" che decide la scuola di ninja più forte del mondo!