The Legend of Nayuta: Boundless Trails è ambientato in due mondi: il mondo natale dei protagonisti e un misterioso mondo chiamato Lost Heaven. La città natale dei protagonisti è Remnant Island, situata al centro del Ciencia Sea, un vasto oceano con innumerevoli isole. Le stelle cadenti hanno continuato a cadere dal cielo da qualche tempo, accumulandosi in gran parte sull'isola. In queste zone sono stati scoperti dei sassi noti come «Frammenti Stellari». Illuminandoli in un certo modo, le persone possono vedere il mondo fantasma di Lost Heaven. La storia segue Nayuta Herschel, un giovane ricercatore in erba che aspira a vedere cosa c'è oltre il mondo conosciuto, che stava tornando a Remnant Island per l'estate, quando lui e la sua amica d'infanzia Cygna Alhazen si ritrovano nel mondo di Lost Heaven grazie alla guida della fata ultraterrena Noi, mentre si coinvolgono in un complotto per impedire che un folle e la sua mano destra distruggano Lost Heaven e, forse, anche il mondo di Nayuta nel processo.