Durante l'esplorazione delle grotte sotto il Castello di Hyrule per indagare sulle origini dell'oscurità (una sostanza pericolosa che è apparsa in tutto il regno), Link e Zelda non solo trovano antichi reperti archeologici dei Zonai, un'antica razza che si dice sia discendente dal cielo, ma anche una malefica mummia tenuta da un braccio senza corpo, che improvvisamente si riporta in vita, sconfigge Link, rompe la Master Sword e innalza grandi strutture, una volta trovate sottoterra, verso i cieli sopra Hyrule, con Zelda che scompare con una scintilla proveniente da un amuleto strano trovato sul sito. Qualche tempo dopo, Link si risveglia in un luogo sconosciuto su un'isola fluttuante nel cielo e incontra uno spirito misterioso chiamato Rauru, che ha trapiantato il suo braccio (lo stesso braccio che teneva la mummia) in Link, poiché il suo braccio destro era ormai irrecuperabile. Guidato da questo nuovo alleato, Link parte in un'avventura per proteggere Hyrule, trovare la principessa Zelda e svelare i misteri degli Zonai.