In una scuola misteriosa in cui il giorno e la notte sono due mondi separati, un trio eterogeneo lavora per risolvere incidenti legati alla magia. Michiru è uno studente del primo anno appena iscritto in un collegio con una torre dell’orologio particolarmente grande, situato nel profondo delle montagne. Purtroppo, nel suo primo giorno di scuola, si ritrova coinvolto in un imprevisto guaio e rompe per errore una statua dall’aspetto costoso. Per rimediare alla statua rotta, il preside ordina a lui e al ragazzo che ha causato l'incidente di lavorare per l’“Bureau for the Investigation of Special Affairs” della scuola. Quando arrivano alla sede del Bureau, una stanza situata nell'enorme biblioteca sotterranea della scuola, una ragazza li sta aspettando lì con uno sguardo apatico. La ragazza informa i due confusi della situazione: la magia esiste in questa scuola. Quando la torre dell'orologio suona, il “Realm of Night” appare e si fonde con l'edificio della scuola. Il compito del Bureau è occuparsi dei problemi soprannaturali che si verificano. E così, Michiru lotta per proteggere la scuola dagli ingombranti oggetti magici noti come “Mists”…