Un giorno, una pioggia intensa scese su Gensokyo. Reimu Hakurei cercò rifugio in un negozio chiamato "Kourindo", ma quello che trovò lì fu solo guai. Rinnosuke Morichika, il proprietario del negozio, iniziò a comportarsi in modo strano e improvvisamente la aggredì. Le abilità di Reimu non bastavano contro il suo potere appena scoperto, e si trovò sulle corde. Si ritirò al suo domicilio, al Santuario Hakurei. Poi, con l'aiuto della saggia Kasen Ibaraki, tornò a Kourindo per indagare la misteriosa torre che era apparsa lì e riportare Rinnosuke alla ragione. Ora si aprono i sipari su un nuovo incidente che minaccia Gensokyo: la battaglia per la Sfera d'Oro.