Gensokyo — Un luogo remoto isolato dal Mondo Esterno, dove umani e youkai vivono fianco a fianco. Un giorno, la sacerdotessa del Santuario Hakurei, Reimu Hakurei, nota misteriosi pilastri che svettano in diverse località di tutto Gensokyo. Questi pilastri segnano l'inizio dello Spell Carnival, un festival ospitato da Yukari Yakumo, in cui bisogna mettere le proprie Spell Cards in gioco nello scontro. Per indagare sulle vere intenzioni di Yukari Yakumo, che ha dato inizio così all'improvviso Spell Carnival, Reimu Hakurei si unisce alla lotta per le Spell Cards.