Il mondo di Rez è ambientato nel prossimo futuro sulla Terra, fortemente sovrappopolata, in una società paralizzata da tassi di criminalità e sull'orlo del collasso. Nel tentativo di risolvere il caos, è stato creato un nuovo network globale: Project-K, sotto la supervisione di un'intelligenza artificiale autoconsapevole chiamata Eden. Tuttavia, l'aumento del flusso di informazioni e l'infezione da parte di un virus (il protagonista) hanno confuso Eden, permettendole di iniziare a mettere in discussione il significato della sua esistenza e le conseguenze delle sue azioni. Cercando di comprendere i paradossi che la circondavano e rendendosi conto del potere che possedeva, si è disattivata. Il personaggio giocabile e protagonista è un virus informatico di tipo hacker non ufficialmente chiamato Swayzak, che attraversa la rete Project-K con la missione di ri-svegliare Eden e di rivelare la vera essenza al suo interno progredendo più in profondità nel sistema e distruggendo gli altri virus, antivirus, programmi di sicurezza, sistemi di difesa e firewall presenti al suo interno.