La modalità storia del gioco è divisa in tre percorsi che seguono l'avventura di Amitie, una ragazza vivace che frequenta una scuola di magia, dove Accord la insegna a lanciare incantesimi magici usando Puyo. Nella storia principale del gioco, Accord ha perso la sua Flying Cane, l'equivalente di una bacchetta magica, e afferma di offrire una ricompensa allo studente che riuscirà a trovarla. Il giocatore interpreta Amitie mentre si avventura nel mondo di Puyo Puyo Fever per trovare la Flying Cane, incontrando lungo il percorso molti personaggi strampalati e affrontandoli. In una versione più difficile della modalità storia, si gioca nei panni dell'avversaria di Amitie, Raffina. Quale modalità storia si sta giocando determina quali personaggi si incontreranno e chi, alla fine, troverà la bacchetta magica. Quando si gioca nei panni di Raffina verso la fine del gioco, si scopre che Accord in realtà non ha mai perso la Flying Cane. Poi progetta di rivelare il segreto di Accord e Popoi, ma fallisce nel suo finale, poiché viene messa fuori combattimento da Accord, perdendo tutti i ricordi dell'incidente legato alla Flying Cane. Riprende conoscenza vicino alla sua scuola, dove Amitie e i suoi amici la congratulano.