Nel 199X, Tokyo fu distrutta dai missili balistici intercontinentali, provocando un olocausto nucleare. Alcune persone, dotate di lungimiranza, avevano costruito rifugi sotterranei e erano sopravvissute al Grande Cataclisma, mentre i demoni cominciavano a scatenarsi sulla superficie. Le persone nei rifugi sotterranei devono ancora difendersi dall'invasione demoniaca, e quindi si è formata un'organizzazione chiamata Devil Busters. Sono passati circa vent'anni e una nuova generazione è cresciuta nei rifugi... In Giten Megami Tensei, si gioca nei panni di Ayato Katsuragi, un cacciatore di demoni nato e cresciuto nel Hatsudai Shelter. Ayato si unisce alle forze dopo che i suoi genitori sono stati brutalmente uccisi dai demoni. Supera l'esame insieme al suo amico Yuuka Tachibana, la reincarnazione di Ishtar. Più tardi, il rifugio viene attaccato dai demoni, Ayato viene posseduto e Yuuka viene uccisa dai demoni. Lei viene divisa in otto pezzi e ne dà uno ai suoi compagni. Ayato riesce a fuggire e giura di recuperare i pezzi del corpo. La storia è strutturata in modo piuttosto episodico. Ayato si unisce a Rui Asuka, Tatsuya Hayasaka, Emi Kirishima, Yoshio Nishino, Isamu Yamase, Tetsuya Sonoda, Kouki Kamikawa, Kazumi Yamada, Sanshirou Souma e il dottor Kusaka. Molti muoiono a un certo punto della storia.