Madō Monogatari è un RPG in prima persona composto da tre capitoli che racconta le avventure della giovane apprendista maga Arle Nadja, con tutti e tre i capitoli realizzati come giochi indipendenti ma pubblicati in un unico pacchetto. Il primo gioco inizia con la giovane Arle mentre cerca di diplomarsi dalla scuola di magia conquistando la malvagia torre Satan. Il secondo gioco salta avanti nel tempo fino a una Arle di 16 anni, ora una maga affermata, che deve sfuggire a un dungeon e sconfiggere chi l'ha imprigionata. Il terzo e ultimo gioco del pacchetto mette Arle di fronte a una malvagia maga che mira a vendicare le imprese che Arle ha compiuto sulla torre Satan nel primo gioco. Ora deve fuggire da un dungeon e sconfiggere il malvagio minotauro che è stato inviato per distruggerla. Tutti e tre i giochi condividono lo stesso motore grafico e le stesse meccaniche di gioco, giocando come RPG in prima persona in cui la tua visione principale è composta da una vista 2,5D dei dungeon in cui sei intrappolato, e il resto dell'interfaccia viene usato per fornire feedback grafico al giocatore invece di basarsi su statistiche e numeri (ad esempio, un'immagine di Arle serve a indicare quanto è ferita, e un gruppo di gemme che circonda lo schermo mostra quanto sei vicino ad avanzare di livello). Il combattimento è a turni e comporta selezionare e lanciare incantesimi per annientare i numerosi nemici nel dungeon. C'è anche una buona quantità di enigmi da risolvere e molti NPC da incontrare in ciascun dungeon, tutti personaggi della serie Puyo Puyo.