Dopo essere tornata da una sessione di allenamento, Reimu scopre che il suo santuario è stato invaso da fantasmi e youkai! Entusiasta di questa opportunità per mettere alla prova le sue abilità nascenti, sale sulla sua tartaruga volante, Genji, e afferra le sue estremamente potenti sfere Yin-Yang così da poter andare a investigare.